悪の秘密結社エロジオーネ。闇に生きる者達の浸食が世界を覆い始めていた。
　それと共に噂される魔法少女達の存在。はたして魔法少女は実在するのか?
　皆が平和な夜を過ごすその裏で、エロジオーネの暗躍とそれを食い止めようとする
　魔法少女達の戦いが続いていた。
　ヒロイン凪菜花(ななか)の住む街で若い女性の失踪事件が起き始めていた。
　学校からの帰り道、凪菜花は黒づくめの男達に追われていた不思議な猫を助ける。
　家でキズの手当をするとその猫は凪菜花に失踪事件の真実を話し、魔法少女となって
　自分の手助けをしてくれないかとお願いしてきた。
　生徒会長を務め、人一倍正義感の強い凪菜花は、渡されたペルセステッキを使って
　マジカル☆ナナカに変身し、エロジオーネと闘うことを決意するのでした。