近未来、現代よりだいぶテクノロジーが進んでいる世界。
古くから続く歴史ある名門である「私立ヴェイス女学園」セイカは、そこに潜入捜査として転校してきた。
その学園には昔からエリートを育成する名目で、学園内で選ばれた優秀な生徒だけを集めて1クラスを形成する特待生クラス「レナトゥス」がある。
長い歴史の中で一時期は形骸化していた制度だったが、最近になってそれは再び特別なクラスとして事実上、制度が復活。
しかも過去においてはあくまでも学園内の1クラスであったが、
現在では、離れに建てられた、もう1つの校舎にて特待生だけが授業を受ける形式に変化。
更に、校舎内には寮までも用意され、外部との接触自体をほぼ遮断し、
同じ学園でありながら一般生徒も内部をよく知らないという、半ばブラックボックス化していた。
セイカの潜入捜査の目的は、「レナトゥス」の実態解明と報告。
「レナトゥス」へ編入された生徒の家族が、音信不通となった娘の安否確認を要請。
なお、具体的に依頼者に関する情報は一切セイカに明かされていない。
全ては秘密裏。
セイカは、普通の生徒を演じながら、レナトゥスの調査を開始するのだった。